cuộc gặp gỡ định mệnh giữa chàng trai người Mỹ Ash Lynx và cậu chàng thợ chụp ảnh người Nhật Eiji Okamura. Tại thành phố New York năm 80, thiếu niên đẹp trai Ash Lynx được một ông trùm tội phạm khét tiếng “Papa” Dino Golzine nhận nuôi từ nhỏ, nuôi dưỡng cậu trở thành tay sai cũng như một món đồ chơi tình dục của ông ta.
Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
câu chuyện của một cô gái trẻ mồ côi, Fena Houtman. Fena đã được lớn lên trên một hòn đảo, nơi không có hy vọng trở thành bất cứ điều gì khác hơn là chattel, bị sử dụng và vứt bỏ bởi những người lính của Đế quốc Anh. Nhưng Fena không chỉ là một đứa trẻ mồ côi không nơi nương tựa.