Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Sakura Kinomoto là một cô bé 10 tuổi học lớp 4, sống cùng bố và anh trai tại thị trấn Tomoeda. Một lần, cô bé vô tình mở một quyển sách trên giá dưới tầng hầm, cô đọc tên lá bài mình nhìn thấy là The Windy. Và hậu quả là tất cả thẻ bài nằm trong cuốn sách bay tứ tán khắp nơi, chỉ con sót lại duy nhất thẻ The Windy
Sự ra đời của công chúa và hoàng tử song sinh là báo hiệu cho sự diệt vong của vương quốc sẽ đến khi công chúa tròn 16 tuổi. 15 tuổi, để tránh định mệnh phải chết Pacifica phải trốn chạy sự truy đuổi của nhiều lực lượng khác nhau dưới sự bảo vệ của anh trai và chị gái nuôi. Liệu Pacifica có phải sử dụng sức mạnh thật sự của mình?
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.