Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Tại một tương lai không xa, con người phải đối đầu với một chủng loại sinh vật nguy hiểm tên là Demoniacs-1 dạng quái vật sinh ra từ xác người chết và có thể ký sinh vào cơ thể con người đồng thời biến họ thành quái vật. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của đội đặc nhiệm XAT, Xenogenesis Assault Team-chuyên săn lùng các Demoniacs.
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng
Buddy Complex Final Chapter: In the Future When We Return to Those Skies, Buddy Complex: Kanketsu-hen - Ano Sora ni Kaeru Mirai de, Buddy Complex Special
Con người đã được tạo ra là con lai của con người, và các doanh nghiệp mạnh mẽ đặt cược vào kết quả của trận đấu của họ. Sinh viên đại học Những người quen quen của Nomoto Yuuya yêu cầu anh lái xe quanh họ để lấy một cô gái một ngày nào đó, và anh ta sớm tìm ra phương tiện bằng vũ lực.