Tiếp theo sau phần 2. Nội dung chả có gì nổi bật lắm, vẫn là Neuroi xuất hiện lại, các em bay đánh nhau, mọi người cùng tụ tập lại quanh Yoshika-chan và chơi cái final blow cho 1 con Neuroi bự. Và cuộc chiến lại tiếp diễn.
Witches Of East End xoay quanh câu chuyện của một gia tộc phù thủy gồm Joanna cùng hai người con gái Freya và Ingrid. Họ đều là những phù thủy bất diệt, Joanna có khả năng chữa lành viết thương và hồi sinh người chết, Freya có khả năng tiên đoán tương lai và điều khiển vật bằng ý nghĩ, Ingrid có khả năng tạo ra các chất độc ma thuật và những bùa chú có sức mạnh phi thường. Mọi chuyện bắt đầu trở nên rắc rối khi Freya phát hiện ra vị hôn phu và gia đình của anh ta chính là những vị thần trong
Witches Of East End xoay quanh câu chuyện của một gia tộc phù thủy gồm Joanna cùng hai người con gái Freya và Ingrid. Họ đều là những phù thủy bất diệt, Joanna có khả năng chữa lành viết thương và hồi sinh người chết, Freya có khả năng tiên đoán tương lai và điều khiển vật bằng ý nghĩ, Ingrid có khả năng tạo ra các chất độc ma thuật và những bùa chú có sức mạnh phi thường. Mọi chuyện bắt đầu trở nên rắc rối khi Freya phát hiện ra vị hôn phu và gia đình của anh ta chính là những vị thần trong
Sau Operation Mars [Chiến dịch Sao Hỏa], nhờ sự nỗ lực của Tiểu đội Phối Hợp Không Chiến số 501 "Strike Witches".Tổ Neuroi khổng lồ đã bị tiêu diệt, Venetia đã được tự do. Sau khi liên quân giải tán, những Witche chia tay nhau và đến những nơi khác nhau trên thế giới. Sau đây là câu chuyện về những quân nhân của Karlsland dưới sự chỉ huy của Minna trú tại trú tại Saint Trond thuộc Vương Quốc Bỉ.
Shiraishi Urara là học sinh giỏi nhất trong trường của mình. Một ngày nọ, do một nụ hôn tình cờ, Urara thấy mình trong cơ thể của quá hạn trường, Yamada Ryuu! Trong cố gắng để trở về cơ thể của mình, Urara và Ryuu khám phá ra rằng hôn gây ra cho họ để chuyển cơ quan, dẫn đến phát hiện của họ rằng có 7 phù thủy trong trường của họ. Họ nhanh chóng cố gắng khám phá những bản sắc của 7 phù thủy
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.