Trong một bối cảnh giả tưởng Đông theo kiểu, một anh trai và em gái đội ngũ người giám hộ thiêng liêng được bao vây bởi các Gui Zong Xuân, tay sai của Mie Tian Hải, người tìm thanh kiếm Tian Xing Jian mà họ sở hữu. sự xuất hiện của hai dẫn đến sự thất bại của anh, nhưng em gái của mình, Dan Fei, nhảy ra khỏi một vách đá để an toàn tạm thời
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Cuộc sống cuả Shinozaki Mikoto - cậu học sinh lớp 10, là một chuỗi những công việc đều đặn, chán ngắt: đến trường, về nhà, đến trường và về nhà…. Cuộc đời cậu bắt đầu thay đổi khi cô bạn cậu thầm mến - Yuki Fukazawa, mời cậu vào câu lạc bộ đua xe đạp cuả trường và cậu đã từ chối với lí do không biết đi xe đạp
Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.