Trong tương lai, bức xạ từ mặt trời đã hủy hoại môi trường Trái đất, và tỉ lệ sinh của loài người đã giảm hẳn. Chính phủ kiểm soát dân chúng bằng 1 đội quân các binh sĩ được nhân bản IC. Sam Coin, 1 nhà buôn ở sa mạc, tình cờ cứu được 1 cô gái tên Maya đang bị Theseus, thành viên đội IC đuổi theo. Anh giấu cô vào trong thuyền, nhưng bọn họ nhanh chóng bị phát hiện
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng
Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Hyperactive Excel làm bất cứ điều gì và mọi thứ để cố làm hài lòng chúa tể, Il Palazzo, người muốn tiếp nhận hành tinh. Những cuộc mạo hiểm của Excel đòi hỏi cô và người bạn đời của cô, Hyatt đầy mê hoặc trên toàn thế giới, gặp gỡ những người lạ mặt khi họ đi. Mọi thứ đều kỳ quặc và ngốc nghếch, như bất kỳ loại anime hay thể loại giải trí nào đều bị chế giễu và giả mạo.
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu