Một đêm nọ, một vật lạ rơi vào đầu của Nitta, một thành viên của yakuza. Trong chiếc hộp là một bé gái lạ lùng tên là Hina. Em có một sức mạnh siêu nhiên kinh hoàng, và Nitta cảm thấy mình bị miễn cưỡng chăm sóc cho cô bé. Sức mạnh của em sẽ giúp trong công việc yakuza của anh
Vào năm 2043, Infinite Dendrogram – game thực tế ảo online thành công đầu tiên trên thế giới – đã được ra mắt. Bên cạnh khả năng mô phỏng 5 giác quan một cách hoàn hảo, cùng với những tính năng đặc sắc, game hứa hẹn sẽ mang lại cho người chơi một thế giới với những khả năng bất tận.
Ba chị em Hozuki, Kazuki, và Hazuki là dòng dõi của Galileo và sở hữu các tính cách khác biệt, nhưng họ chưa bao giờ thân nhau. Vào một ngày nọ, họ bị bắt cóc bởi một tổ chức bí ẩn. Tổ chức này đang tìm "Galileo Tesoro" mà Galileo Galilei khám phá được. Chẳng hiểu chuyện gì đang diễn ra, 3 người họ tẩu thoát trên chiếc phi thuyền người em út làm. Dù xem nhau như người xa lạ nhưng giờ đây họ phải giúp đỡ lẫn nhau. Mục đích của tổ chức theo đuổi? Tesoro là gì? Và cả mối quan hệ của 3 chị em sẽ ra
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.