Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Đã 100 năm kể từ khi vua Kyle chôn cất Ang Mundo. Báy giờ trong thời kỳ hòa bình, chàng hiệp sĩ tập sự Kasel hưởng thụ cuộc sống bản thân mà chả lo nghĩ gì. Tuy nhiên, số phận của anh ta bắt đầu thay đổi, với tin đồn về sự xuất hiện của quỷ xâm nhập khu phố.
The power of the saint is all around. Takanashi Sei là một nữ nhân viên văn phòng tuổi 20 có chút tham công tiếc việc. Trong một buổi tối về nhà sau giờ làm thêm, cô đột nhiên bị một luồng ánh sáng bao phủ và bị triệu hồi sang thế giới khác dưới thân phận "Thánh Nữ".
Đột ngột rơi vào cảnh mồ côi, cậu bé chiến đấu với kẻ sát hại cha mẹ mình nhằm cứu lấy một hành tinh và khám phá thế giới mới đầy hiểm nguy nhưng cũng hết sức diệu kỳ.
Dragon Collection (ドラゴンコレクション Doragon Korekushon?) nói về một game luyện rồng ở Nhật Bản, người chơi hóa thân vào trò chơi như đời thật.