Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Ba chị em Hozuki, Kazuki, và Hazuki là dòng dõi của Galileo và sở hữu các tính cách khác biệt, nhưng họ chưa bao giờ thân nhau. Vào một ngày nọ, họ bị bắt cóc bởi một tổ chức bí ẩn. Tổ chức này đang tìm "Galileo Tesoro" mà Galileo Galilei khám phá được. Chẳng hiểu chuyện gì đang diễn ra, 3 người họ tẩu thoát trên chiếc phi thuyền người em út làm. Dù xem nhau như người xa lạ nhưng giờ đây họ phải giúp đỡ lẫn nhau. Mục đích của tổ chức theo đuổi? Tesoro là gì? Và cả mối quan hệ của 3 chị em sẽ ra
rong một tương lai để nhân loại thích một thời đại mới của sự thịnh vượng nhờ phát minh của Dr. Shizuma về một nguồn năng lượng tái tạo mang tính cách mạng: Shizuma Drive. Nhưng sự bình an này bị Big Fire đe doạ, một thế lực cướp bóc tìm kiếm thế giới
Hai đặc vụ bí mật Éclair và Lumière của Encounter of Shadow-work (ES) đã từng tham gia vào cuộc chiến để quyết định số phận của nhân loại trong dải ngân hà. Họ giành chiến thắng và hòa bình được lập lại. Giờ đây, sau một vài năm, dải ngân hà một lần nữa lại đứng trước bờ vực của sự hỗn độn. Cuộc chiến này sẽ có sự xuất hiện của hai người anh hùng mới: Ascoeur và Q-feuille