Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa, cậu đã vượt thời gian quay trở về thời còn học sơ trung.
Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.
Scorpion tên thật là Hanzo Hashashi, người vừa lãnh đạo bộ lạc Shirai Ryu trở nên bất khả chiến bại và làm tất cả đối thủ khiếp sợ. Sức mạnh của Hanzo vừa khiến anh bị nhiều kẻ thù dòm ngó. Bọn chúng thậm chí còn đặt cho anh biệt hiệu Scorpion (Bò cạp).