Truyện kể về Michi Sonoda, người đã dự định bỏ judo sau giải đấu cuối cùng của cô ở trường trung học cơ sở cho đến khi người bạn thân nhất của cô là Sanae Takigawa mời cô tiếp tục chơi judo ở trường trung học.
Câu chuyện bắt đầu tại buổi lễ khai giảng của trường Trung Học Kanagawa, Kenji Gion - một anh chàng nhỏ con nhưng gan góc, dám nghĩ dám làm - tham gia câu lạc bộ rugby. Cậu gia nhập câu lạc bộ cùng với người bạn cùng lớp của mình - Iwashimizu và đội phó Hachiouji.
Câu chuyện xoay quanh Học viện Myojyou – một trường nội trú tư thục dành riêng cho nữ sinh. Tất cả 12 học sinh trong lớp Kurogumi của khối 10 đều là sát thủ với một mục tiêu duy nhất: Haru Ichinose. Haru quyết định sống sót bằng mọi giá cho đến khi tốt nghiệp mặc dù tính mạng của mình như ngàn cân treo sợi tóc. Tokaku Azuma là một học sinh mới chuyển đến và cũng có mục tiêu là Ichinose, thế nhưng dần dần cô lại có tình cảm với chính mục tiêu của mình.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Câu chuyện xoay quanh Houtarou, người có cách sống khá xa cách và thờ ơ, luôn tìm cách để "tiết kiệm năng lượng" hết mức có thể. Cậu bị chị mình ép phải gia nhập câu lạc bộ văn học.